動きました！
ThinAppで何も考えずに動作するか…!?と思いきや、Package.ini の CommandLine で -no-remote を付けてあげる必要がありました。
これを付けないと、他のバージョンで起動している場合、そのバージョンで子ウインドウを立ち上げてしまいます。
Multiple Instances of an Application
http://blogs.vmware.com/thinapp/2009/12/multiple-instances-of-an-application.html
それだけ気をつければ。あとは気力のみ。
強制バージョンアップを抑止するオプションも一緒に入れてあげるといいですね。
Chromeもインストーラがあれば挑戦してみたいと思います。
